Овом светом Јоаникију не зна се много пре но што је постао архиепископ Српски. Сигурно је да је рођен од побожних српских родитеља (изгледа негде око Призрена), који су највероватније били благороднијег порекла. Да је Јоаникије био врло способан и обдарен види се из тога што га је тадашњи српски владар Стефан Душан (1331 1355 г.) узео на свој двор за свога логотета. Када пак премину тадашњи архиепископ Српски Данило II (1324-1337 г.), тада би сазван црквени сабор на коме за архиепископа би изабран овај свети Јоаникије о коме је реч. То беше 3. јануара 1338. године. Попут великих светитеља Божјих и јерараха Цркве Христове Тарасија, Никифора, Фотија и осталих, и овај свети би изабран из редова лаика и брзо прође све монашке и свештеничке чинове, и тако би хиротонисан за архиепископа на престолу Светога Саве.Као архиепископ, свети Јоаникије II је радио на добро Цркве Божје и на спасење своје Богом поверене му пастве. Тадашњу првопрестолну цркву у Пећи, коју подигоше архиепископи Никодим и Данило, он даде украсити дивним иконама и фрескама и свим осталим потребним стварима.У то време српски краљ Стефан Душан освоји многе грчке крајеве на југу и прошири веома своју земљу, па због тога реши да се прогласи за цара Притом он одлучи да и Српског архиепископа саборски узвиси на степен патријарха. Јер овај краљ српски не мало поштоваше светог архиепископа Јоаникија и велику му част указиваше. Тако једном приликом у Приштини, када тамо Душан дочекиваше грчког владаоца Јована VI Кантакузена и за ту прилику дође позван и архиепископ Јоаникије, сам краљ прихвати на своје руке ногу светог архиепископа, док овај сјахиваше са коња, и смирено га целива у руку просећи од њега благослов.O самом пак проглашењу архиепископа Српског Јоаникија за патријарха и Српске архиепископије за патријаршију, ево шта пишу биографи Српских краљева и архиепископа: "После престављења господина архиепископа кир Данила (Другог), господин краљ Стефан (Душан) постави свога логотета на престолу Светога Саве, и он остаде у архијерејству осам година. Када је тада господин краљ Стефан (Душан) у то време заузео многеземље и градове грчке, он се венча на царство у граду Скопљуи постави архиепископа кир Јоаникија за патријарха. Јоаникије патријарх пребивао је у дому Спасову и украшавао је велику цркву многочасним и светим иконама и многоразличним свештеним сасудима, и другим различним златним и сребреним потребама, украшеним бисером и камењем, као што сведочи писмени црквени катастих. И постави многа сребрна кандила, која са собом донесе, и још к томе приложи дому Спасову многа села, и цркве у њима сазда, и на Кармилу (у Светој Земљи2) сазда цркву Светог Илије и на Тавору цркву Светог Николе". Толико о томе пишу биографи.Ово пак проглашење светог архиепископа Јоаникија за патријарха Српског није било само по жељи и вољи краља Душана, који је, хотећи да се помаже за цара Срба и Грка, знао да то може учинити само патријарх, него је проглашење Српске патријаршије било саборно, на великом црквеном сабору у Скопљу (на Цвети 1346. године), где су учествовали и патријарх Бугарски Симеон, и архиепископ Охридски Николај, и многи епископи и клирици српски и бугарски, а такође и сам свештени прот Свете Горе и многи светогорски монаси са њим. Српска Црква је још од Светог Саве била призната од Цариградске патријаршије као потпуно самостална и аутокефална, због чега је овај сабор у Скопљу сматрао да може несметано архиепископа Српског прогласити за патријарха, те тако овај свети Јоаникије II и постаде милошћу Божјом први Српски патријарх "всем Серблем и Поморију", то јест патријарх "свих Српских земаља и Поморских".После овога је свјатјејши патријарх Српски Јоаникије помазао (на Ускрс 1346 . године) краља Душана за цара свих Срба, Албанаца и Грка, а ускоро затим (на Спасовданском сабору у Скопљу 1349. године) заједно са њим донео је многозначајни српски Законик, којим је узакоњено српско царство, и правда и поштење у њему, и "свака правила светих и божанствених цркава". По проглашењу патријаршије, Скопска је митрополија постала првопрестолна у Српској. Цркви, а одмах иза ње долазила је Охридска архиепископија. Основане су још Злетовска и друге нове епископије, и на њих су постављени српски јерарси. Против свега овога ништа нису рекли тадашњи патријарси у Цариграду Јован Калека (1334-1347 г.) и Исидор (1347-1349 г.).Ускоро после овога приближи се и кончина земаљског живота светог патријарха Јоаникија. А она би овако. Када у јесен 1354 . године нападоше са севера на српско царство Угари (то јест Мађари), цар Душан устаде и крете на њих. Дошавши у пределе светог манастира Жиче, он посла да му из Пећи дозову у Жичу свјатјејшег патријарха Јоаникија да са њим нешто проговори о црквеним и државним стварима. Но када свети патријарх стиже у Жичу, он се ту брзо разболе, и по својој жељи би понесен онако болестан у своју патријаршију у Пећ. Но он тамо не стиже, јер још на путу издахну и предаде душу своју у руке Господа свога. О таме се овако каже у споменутом животопису краљева и архиепископа Српских: "После неког времена, ђаво, исконски завидник рода човечијега, подиже рат и завист међу царем Стефаном (Душаном) и угарским краљем. И кад је цар Стефан стао на Пакларима (код Рудника) са свима својим војскама, написа и замоли патријарха да дође у Жичу. И кад је патријарх дошао у Жичу, после мало дана упаде патријарх у неисцељиву болест. И сам заповеди да га дигну и однесу у Пећ. И када се тада сабрао сав сабор жички, узеше патријарха и понеше га; и кад је био ношен, престави се на путу у Полумиру у Сутесци (код данашњег Ушћа на Ибру). И кад је био донесен у Пећ, би положен у гроб (који сам себи беше назначио). И поживе он у светитељству на престолу Светога Саве шеснаест година и осам месеци, и у миру усну у Господу, месеца септембра у трећи дан, у шести час ноћу (године 1354.)". Тело светог патријарха Јоаникија положено би у средњу цркву Пећке патријаршије, тамо где се оно и до данас налази (то јест у цркви Светих Апостола). Изнад његовог светог гроба насликана је затим на зиду фреска која изображава његово чеоно уснуће у Господу.Ускоро за светим Јоаникијем премину изненада и српски цар Стефан Душан (20. децембра 1355. године). Но пре његове смрти, а не знамо да ли за живота светог Јоаникија патријарха или 3пошто он премину, тадашњи патријарх Цариградски Калист "посла и одлучи цара са патријархом и његове архијереје", како то каже један од каснијих летописаца. Овај исти летописац додаје још и ове речи: "Када је пак ово било, онда се цар покаја, и заиска разрешење за ово зло, али га није могао наћи ради достојанства и градова! И после овога разреши се цар од овога живота и предаде се гробу, оставивши ову злобу непогребену". Ово што пише споменути летописац показује да је својим поступцима цар Душан био увредио Цариградског патријарха и грчког цара, јер је преотео многе грчке покрајине и градове и из њих насилно протерао грчке архијереје. Због тога је и дошло до прекида јединства и хришћанске заједнице љубави и мира између Цариградске и Српске патријаршије, али та жалосна ствар није дуго потрајала. Сам свјатјејши патријарх васељенски Калист дошао је потом на српски двор у град Сер, код удове цара Душана блажене царице Јелене, и са њом разговараше о потреби мира и јединства. А л и се он убрзо ту упокојио, те није могао сам ту ствар окончати. Неколико година касније, за време светог цара Лазара, свјатјејши патријарх васељенски Филотеј посла двојицу својих клирика "а српски двор у Призрен, и они дошавши, уђоше у цркву и служише заједно и причестише се са светитељем (то јест са тадашњим Српским патријархом), и са српским свештеницима који раније бише одлучени ... и опростише цара Стефана (Душана), Јоаникија патријарха и Саву патријарха и цара Уроша, и све мале и велике, јер се сјединише удови глави и Црква опет доби своје благољепије". Тако ова неслога би брзо уклоњена и мир и слога наступише међу сестринским по вери и љубави Црквама, то јест Цариградском и Српском патријаршијом, на чијим светим престолима сеђаху овакви свети патријарси као што беху Калист и Филотеј у Цариграду и свети Јоаникије у Српској Цркви, а после њега његови свети наследници Сава IV и свети Јефрем патријарх, о којима се говори опширније у њиховим посебним Житијама. Молитвама свих њих нека Господ помилује и нас грешне. Амин.