За време грчког цара Ираклија удари персијски цар Хозрој на Јерусалим, 614 године, опљачка град, однесе Часни Крст у Персију, и повуче у ропство огроман број хришћана, међу овима и патријарха Захарију. Јевреји му помагаху у чињењу зла хришћанима. Између осталих јеврејских пакости помиње се и ова: откупе Јевреји од Хозроја 90.000 хришћана, и као своје робље све побију.Четрнаест година остао је стари патријарх у ропству. А од Часнога Крста пројаве се многа чудеса у Персији, тако да су Персијанци говорили: "Хришћански Бог дошао је у Персију". Доцније примора Ираклије цара персијског да врати Часни Крст с патријархом и преосталим робљем у Јерусалим. Сам цар Ираклије унесе Крст на својим леђима у свети град. Остале дане своје проведе Св. Захарија у миру, и пресели се ка Господу 632 године. Патријарховао од 609 до 632 године. На престолу га замени патријарх Модест, после кога дође Св. Софроније.