Године 1456. он остави звање и дужност градоначелника Новгородског, и повуче се на своју очевину у Вјажском крају, Архангелска губернија, где се бављаше зидањем многих храмова и просвећивањем народа хришћанском вером. На 15 врста од града Шенкурска, по нарочитом Божјем указању, он подиже манастир у име светог апостола Јована Богослова, замонаши се у њему добивши име Варлам. Као монах он строго испуњаваше сва манастирска послушања, и служаше братији као последњи слуга. Престави се преподобни 19. јуна 1462. године. Године пак 1552. његове мошти бише обретене нетљене и прославише се многим чудесима. Оне почивају у храму његове обитељи.